Sběr komunálních odpadů zajišťuje obec prostřednictvím sběrných nádob na směsný a tříděný odpad u jednotlivých nemovitostí, a dále prostřednictvím shromaždiště ve dvoře technických služeb, a shromaždiště a svozů bioodpadu. Nově se zavádí motivační a evidenční systém pro odpadové hospodářství.
Od října 2019 v Mukařově využíváme Motivační a evidenční systém pro odpadové hospodářství, tzv. MESOH. Díky skvělé spolupráci občanů se podařilo většinu nádob již v září označit nálepkami s kódy, které nám umožní sledovat všechny vývozy. To je podmínka, abychom mohli na jedné straně efektivně komunikovat se svozovou firmou, a na druhé odměnit ty občany, kteří třídí odpad a případně i předcházejí jeho vzniku.
Ve sběrném dvoře můžete odevzdávat vyřazená elektrozařízení, elektroodpad, v omezeném množství a po předchozí dohodě s vedoucím technických služeb obce také objemný odpad. Je zde rovněž trvale umístěn jeden kontejner pro sběr menších množství bioodpadu, textilu a jedlých olejů a tuků.
Bioodpad z domácností a rekreačních objektů je možné likvidovat třemi způsoby: pravidelným svozem (hnědé popelnice), jednorázovým přistavením kontejneru na bioodpad nebo vyvezením na shromaždiště bioodpadu.